植物跟真菌在自然環境中時常共同生存，但兩者的互動關係可從互利共生，片利共生，乃至寄生關係。由於各類共生關係的建立及維持通常是奠基於植物及真菌兩方持續的溝通以及利益交換之上，這些有趣的互動關係不但會影響到各種植物所依存的真菌相，長期的共演化關係也塑造了形形色色的真菌及植物多樣性。植物及真菌在自然環境中共同影響元素循環及生態系功能，了解植物及真菌在自然界中的依存關係將幫助我們了解當環境出現變化時（例如氣候變遷，棲地破壞，乃至於物種入侵），生態系統是否仍能維持。

 

針對植物及真菌共生，我們將採取整合型的研究方法及取向，主要以次世代定序技術，輔助以植物/真菌表型及環境中的生物/非生物性資料，來瞭解台灣及鄰近地區森林及農業系統中的幾個問題：

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-群集生態學：植物的多樣性及分布如何塑造其所依附的真菌相？

-功能生態學：植物及真菌的共生如何建立及維持，真菌在植物中的功能性為何？而其交互作用的動態又受到何種環境因子影響？

-真菌系統分類：在這些植物共生菌中，是否尚有隱藏的真菌多樣性（例如未被描述的分類群或功能群[例如食性]）等待我們去發掘？而這些分類群與其他類真菌之親緣關係為何？